Naja, also es ist auf jeden Fall möglich, eine Mädchenkiefer aus Samen zu ziehen (Stecklinge sind unüblich, dann schon eher Steckhölzer). Aber du hast es selber schon gesagt: Die Keimung alleine dauert mindestens(!) 4 Wochen... Und bis man dann am Ende einen ansehnlichen Bonsai hat, dauert es Jahre und viel Aufmerksamkeit. Ich konnte auch nicht wirklich zufriedenstellende Quellen finden, die Mädchenkiefern als Kaltkeimer einstufen oder ob eine Stratifikation nicht notwendig ist...
Bonsais sind deshalb eben so teuer, weil sie schon alt bis sehr alt sind und eine Menge an Materialien, Stellplätze und vor allem kostbare Arbeitszeit eingeflossen ist.
Kauf dir lieber einen fertigen Bonsai oder eine Kiefer, die vergleichsweise schon größer ist und in diese Richtung geht. Ich garantiere Dir, dass Dich das glücklicher macht.
Keimlinge fast aller Pflanzen sind einfach anfälliger gegenüber Trockenheit, zu viel Sonne, zu viel Dünger, Staunässe, Temperaturextreme, etc. Es handelt sich um noch schwache Pflanzen, bei denen nichts schief gehen sollte. Für viele blutige Anfänger ist das zwar noch machbar, aber schwerer. Hinzu kommt, dass man wahrscheinlich noch mehr Geduld aufbringen muss, als bei der Ameisenhaltung ohnehin schon

Und dann einen Bonsai daraus zu ziehen, verfielfacht die Zeit nochmal.
In Gärtnereien kannst Du auch bereits gekeimte Sämlinge von Nadelgehölzen kaufen, zumindest hab ich Tannen so schon bestellt. Die sind relativ günstig (2-3 Euro pro Pflanze) und ca. 10-15cm hoch. Aber wie gesagt, hier handelte es sich um Nordmanntanne. Einfach mal anrufen, in die Baumschule verbinden lassen und nachfragen ob die auch Kiefern bekommen

Vielleicht gibt es in der Gärtnerei auch einen Mitarbeiter, der Bonsais als Steckenpferd hat und Dich darüber hinaus noch echt gut beraten kann - der Erfahrung nach hat da jeder so sein Spezialgebiet.
Teste vorher auch unbedingt deine Bewässerungsmethode und ob die ausreicht. Nicht, dass du hinterher einen staubtrockenen Wurzelballen hast, den du nur durch tauchen/überfluten wieder nass kriegst, weil dein Röhrchen zu dünn war oder an der falschen Stelle steckte. Bedenke den Platz für Wurzelraum und Ameisen, den sich beide teilen müssen. Überschüssiges Wasser sollte ebenfalls abfließen können - wenn nicht, musst Du mit Erfahrung die richtige Wassermenge einpendeln, um Staunässe zu verhindern.
Immer nur mit Leitungswasser gießen schadet, je nach Carbonathärte deines Wassers, auf Dauer ebenfalls: Am besten geeignet ist Regenwasser, welches man auch ab und zu mal mit Leitungswasser verschneiden kann (z.B. 1:1 oder 2:1)
Für mehr Informationen zur Carbonathärte kannst Du dich z.B. hier einlesen:
http://www.hortipendium.de/Wasserh%C3%A4rteVor allem das Rechenbeispiel, wieviel Gramm Kalk tatsächlich in einen Topf gelangen, ist beeindruckend.
In Regenwasser tummeln sich auch viele Mikroorganismen. Ob die sich für deine Ameisen positiv, neutral oder negativ auswirken, kann ich nicht sagen, aber Formica fusca ist ja eine einheimische Art. Der Pflanze jedenfalls schadet es nicht.
Ich bin hin- und hergerissen, ob das ganze Projekt funktionieren könnte. Es ist machbar, aber echt schwer. Wie gesagt, im schlimmsten Fall stirbt Deine Pflanze und dein Geld und deine Geduld waren umsonst ;(
Ich rede aber, wie du merkst, fast ausschließlich vom Bonsai - wie Deine Ameisen reagieren, darüber kann ich mir unmöglich ein Urteil erlauben.