Wilde Fruchtliegen aus der Küche werden von all meinen Ameisen immer gerne angenommen, die aus dem Laden bei einigen eher nicht (gerade die Camponotus sind da sehr pingelig).
Mit Milben hatte ich noch nie Probleme, tote Spinnen würde ich aber sicherheitshalber vorher kurz checken. Gerade die parasitären Milben (oder parasitäre Larvenstadien von nicht-parasitären Milben) sind oft sehr auffällig gefärbt (orange, rot) und schnell zu erkennen.
Für Fliegen würde ich dir den Kauf einer elektrischen Fliegenklatsche nahelegen. Eine der besten Investitionen, die man in der Ameisenhaltung machen kann.

Wo meinst du genau?

Also ich hab mir da immer einen Karton zurecht geschnitten (z.B. Rückseite vom Din A4 Block) und dann oben mit Tesa befestigt - dann kann man zur Einsicht mal schnell nach oben klappen.

Wenn die Farm schmal genug ist (im Verhältnis zur Ameisengröße) würde ggfls auch eine ein-seitige Abdunkelung ausreichen um eine Einsicht zu gewährleisten.
Sollte die Farm innen größer sein als 15-20 mm würde ich erstmal beide Seite abdunkeln.