Fipronil wird als Schädlingsbekämpfungsmittel verwendet. Es ist als Wirkstoff in Ködergranulaten und Gießmitteln gegen Ameisen sowie in Köderlegen gegen Kakerlaken enthalten. Die Ködergranulate bestehen vor allem aus Zucker, versetzt mit dem Giftstoff Fipronil und einem Bitterstoff, der Kinder, Haustiere und Vögel von der Aufnahme abhalten soll. Die insektizide Wirkung von Fipronil tritt dabei mit einer Verzögerung ein. Bevor sie verenden, geben die Tiere einen Teil der aufgenommenen Substanz an Artgenossen weiter. Vor allem Ameisen füttern auch ihre Brut mit dem Gift und fressen die Kadaver ihrer vergifteten Artgenossen, wodurch die gesamte Kolonie ausgerottet werden kann. Fipronil wird in den USA auch zum Schutz von Holzbauten vor Termiten verwendet.