Würde spontan auf brunneus oder emarginatus tippen. Die Rötlichkeit des Mittelsegments lässt sich schwer abschätzen.
Lasius niger sind es definitiv nicht, die wären einfarbig.

Kleine Kolonien brauchen kaum Futter und sind tendenziell eher nachtaktiv. Ob sie Insekten annehmen oder nicht wird sich zeigen, generell sind die Körner aber das Hauptfutter. Gut für kleine Kolonien ist sowas wie Grassamen, Löwenzahnsamen, Chia und Quinoa, größere Samen/Körner (Sonnenblumenkerne o....

Unwahrscheinlich. Pharao-Ameisen sind typischerweise bleichgelb, in manchen Fällen mit dunklem Hinterleib.
Zwar gibt es dunklere Varianten (rot und rotbraun), aber meines Wissens keine in schwarz.
Es lässt sich zwar in den Bildern nur extrem schlecht abschätzen, die sehen mir aber auch zu groß aus.

Ja, du kannst das Sand-Lehm-Gemisch nehmen, das passt hervorragend.
Du wirst es allerdings etwas andrücken müssen, es fließt nicht so einfach in die Vertiefungen wie Gips.

Also wenn in Deutschland, dann kann das eigentlich nur Myrmica oder Tetramorium sein.
Würde tendenziell eher auf Tetramorium tippen, wegen Färbung und auch weil die eher mal im Haus auftreten können.

Kommen die irgendwo aus der Wand oder besteht die Möglichkeit, dass die von draußen kommen?

Was fütterst du denn? Krankheit könnte sein, aber auch Fehlernährung wäre möglich.

Arbeiterinnen bei Lasius niger Kolonien sind am Anfang immer winzig. Die werden später fast dreimal so groß. Wieviele Tierchen es sind macht bei Lasius niger keinen großen Unterschied, wenn die Barriere nicht funktioniert wirst du das sehr schnell merken. Die wandern auch bei 20 Arbeiterinnen fröhli...

Abgesehen davon, dass Messor dafür bekannt sind gerne mal Watte oder dünnes Metallgitter zu zerkauen, rauszuziehen oder anderweitig zu ruinieren, spricht jetzt nichts dagegen.
Ist auch nicht jede Kolonie, die das macht, aber manche sind "etwas speziell".